Las 9 Tradiciones listadas y estudiadas en Bujinkan son las siguientes:

戸隠流忍法 Togakure Ryū Ninpō
玉虎流骨指術 Gyokko Ryū Kosshijutsu
虎倒流骨法術 Kotō Ryū Koppōjutsu
九鬼神流八法秘剣術 Kukishin Ryū Happō Bikenjutsu
神傳不動流打拳体術 Shinden Fudō Ryū Dakentaijutu
高木揚心流柔体術 Takagi Yōshin Ryū Jūtaijutsu
義鑑流骨法術 Gikan Ryū Koppōjutsu
玉心流忍法 Gyokushin Ryū Ninpō
雲隠流忍法 Kumogakure Ryū Ninpō